南京工业大学是一所以工为主的省属重点建设的多科性百强名校，由南京化工大学、南京建筑工程学院于2001年5月合并组建而成。

其中南京化工大学的前身可追溯到1902年建立的三江师范学堂，三江师范学堂历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立第四中山大学、国立江苏大学、国立中央大学等历史时期，于1949年更名国立南京大学，翌年定名南京大学。

1952年，全国高校院系调整，南京大学工学院分出，成立南京工学院。1958年化工系从南京工学院分出建立南京化工学院。

1981年被国务院批准为首批具有博士、硕士学位授予权单位。

1995年4月更名为南京化工大学。

1998年7月由化学工业部管理划转归江苏省管理。

南京建筑工程学院的前身是同济医工学堂1915年创建的附设机师科，历经同济高级职业学校、同济高级工业学校、南京建筑工程学校等历史时期。

1980年5月升格为本科院校并定名为南京建筑工程学院。

1997年通过了国家教委本科教学工作合格评价。

1998年被国务院批准为硕士学位授予权单位。

2000年2月由建设部管理划转归江苏省管理。

2012年，南京工业大学与同根同源的在宁高校：南京大学、东南大学、南京师范大学、南京农业大学、南京林业大学举行110周年校庆。