原子配位数计算方法有以下三种：

1、配位数等同于共价键连数。配位数是化学中的一个重要概念，指的是分子或者离子与一个原子相邻的原子个数。例如在甲烷(CH4)分子中，碳原子的配位数为4。通常来说某个原子的配位数等同于这个原子形成的共价键的个数。

2、晶体学中，配位数是晶格中与某一布拉维晶格相距最近的格子个数。配位数与晶体结构或晶胞类型有关，且决定原子堆积的紧密程度，体心立方晶系中原子配位数为8。

3、中心离子的配位数一般是2、4、6，最常见的是4和6，配位数的多少取决于中心离子和配体的性质──电荷、体积、电子层结构以及配合物形成时的条件，特别是浓度和温度。一般来讲，中心离子的电荷越高越有利于形成配位数较高的配合物。