溶于水中的直链淀粉，呈弯曲形式，并借分子内氢键卷曲成螺旋状。加入碘酒，其中碘分子便钻入螺旋当中空隙，并借助范得华力与直链淀粉联系在一起，从而形成络合物。这种络合物能比较均匀地吸收除蓝光以外的其它可见光（波长范围为400—750钠米），从而使淀粉变为深蓝色。

淀粉是一种植物多糖，是由几百到几千个葡萄糖单体脱水缩合而成。它通常由直链淀粉和支链淀粉这两个部分组成。直链淀粉可溶于热水，分子量比支链淀粉小；支链淀粉不溶于冷水，与热水作用会形成浆糊，分子量比直链淀粉大。淀粉与碘之所以会产生呈色反应，是由于碘分子进入淀粉的螺旋圈内，形成淀粉碘络合物的原因。至于呈现出什么颜色则与淀粉糖链的长度有关。当链长小于6个葡萄糖基时，则不会呈色；当链长平均长度为20个葡萄糖基时，则会呈红色；当大于60个葡萄糖基时，则呈蓝色。碘遇淀粉变蓝的原理是淀粉与碘反应的本质是生成了一种包合物，从而使得颜色变蓝了。