厦门高崎机场内设有很多商店和柜台，出售食品、茶叶、烟酒、水果、工艺品、皮具、玩具等。其中，免税店在国际候机区10、11号登机口和国际到达层，主要经营烟酒、化妆品、中国名牌产品等。

免税店指经海关总署批准，由经营单位在中华人民共和国国务院或其授权部门批准的地点设立符合海关监管要求的销售场所和存放免税品的监管仓库，向规定的对象销售、供应免税品的商店。目前，我国境内的免税店主要有口岸免税店、运输工具免税店、市内免税店、外交人员免税店、供船免税店及我国出国人员外汇免税商店。