自交是指来自同一个体的雌雄配子的结合或具有相同基因型个体间的交配或来自同一无性繁殖系的个体间的交配。自由交配是指群体中的雌雄个体随机交配，而自交在狭义上是指植物的自花授粉或雌雄异花的同株授粉，一般来说，有性别决定的生物不能自交。近交是指亲缘关系较近个体间进行的交配，亲缘关系相近的两个个体至少有一个共同祖先，一般以在祖代或曾祖代有共同祖先的两个体交配就算近交，在遗传学上属于完全或不完全的同型交配。可见，狭义上的自交与近交存在包含关系，如自花授粉植物就是最近的近交的典型。