截至2014年，南宁三中拥有三个校区（南宁三中本部、以南宁三美学校、南宁三中平果分校）。其中南宁三中本部校园占地275亩，有60个班级，3221余名学生；南宁三中平果分校（又名平果第三高级中学）占地280多亩，全校初高**有47个班级，2140名学生；南宁三美学校占地32亩，2027名学生（截至2013年）。