海鲫鱼和鲫鱼主要区别是科目分类不同、形态特征不同、生活习性不同。

1、科目分类不同，海鲫鱼，俗名九九鱼、海鱮、福鲫、海刀子，属脊索动物门、鱼钢、海鲫科。鲫鱼，学名罗非鱼，别称南鲫、越南鱼、吴郭鱼、福寿鱼、金凤鱼，属脊索动物门、鱼钢、丽鱼科。

2、形态特征不同，海鲫鱼体被较小的薄圆鳞。背鳍鳍棘部有发达的鳞鞘，向后延伸至鳍条部，鳍棘折叠时可收藏于沟内。鲫鱼体侧高,背鳍具10余条鳍棘，尾鳍平截或圆，体侧及尾鳍上具多条纵，网列斑纹。

3、生活习性不同，海鲫鱼冷温性近海鱼类。鲫鱼原产非洲，属热带性鱼类，栖息在中下层，是以植物性饵料为主的杂食性鱼类。