一是监管理念不同，从货物管理转变为企业管理；二是贸易的开放度不同，实行与国际接轨的多元贸易模式；三是政策的开放度不同，主要体现在投资管理和外汇政策。

保税区是货物一旦进入到这个区域，就要受到海关的监管。而自贸区的正常贸易，海关是不会干涉的，货物的自由买卖、储存等都不受海关的监管。