《四十九日祭》结局是黑岩久治最终审判认定日军二级战犯有罪，玉箫因重度感染死在了慰安所，春池在河南大饥荒中丧命，苏菲等人下落不明。

威尔逊医生出庭作证，他指责日军的***行径，随后还带着浑身是疤被毁了容的豆蔻出庭，当时红十字会发现豆蔻时，她俨然成了一个血人，被日军**后又刺中三十七刀的豆蔻两个月后换上感染性疾病。日本辩论律师认为这种病症只能在三个月以后才能发病，威尔逊医生斥责他一个外行不要来质疑专业医生的能力。玉墨撩起豆蔻的衣服，把她身上的疤痕给大家看，当场所有的审判员看到这残忍的疤痕都流下了眼泪。威尔逊医生表示当时安全区的所有人都恨自己没有武器，如果他们是军人一定冲上前线与日军拼个你死我活。日方辩论律师抗议威尔逊医生有强烈的个人偏见，而且据他所知豆蔻之前是个***，他认为***没有资格来指责日军的***行为。玉墨承认自己是个***，她还被日军抓去做了慰安妇。日方辩论律师大言不惭道慰安妇每月有收入，许多日本女人自愿成为慰安妇来慰劳日军，这也算报效日本的行为，而且玉墨身为一名***成为慰安妇也没什么不妥。玉墨质问他为何不让自己的妈妈、姐姐妹妹和女儿去做慰安妇，怎么不让她们去报效祖国，日方辩论律师无言以对，玉墨还把当年孟书娟的胶卷都洗了出来，里面每张照片都是日军惨无人道的**罪证。看到那些照片黑岩久治低下了头，最终审判认定日军二级战犯有罪。玉墨临走时把胶卷都还给孟书娟，让她好好保管，孟书娟谈起玉墨与戴涛的事情，玉墨表示当时所有人都认为他俩私定终身了，可国难当头哪有那些儿女情长。孟书娟此时想到，当时苏菲问她***中谁长得最美时，她没有回答，她只是没有承认罢了，在她心里赵玉墨最美。当年法比炸掉教堂后，躲在地道里的***们与女学生们把教堂前院从葬坑里的尸体都拽到地道里，随后才从地道爬了出来。后来玉箫因重度感染死在了慰安所，春池在河南大饥荒中丧命，苏菲等人下落不明。