1、意思不同：

in the way意思：阻碍，挡道

on the way意思：在路上;在旅行中

by the way意思：顺便地;附带说一句

2、用法不同：

in the way用法：in表地点时，指在某一立体空间范围内。

on the way用法：on表地点时，指某物与另一物表面相接触，或与某地方接壤等。

by the way用法：by表示比率作“以…为单位”解时，常与表示单位的名词或数词连用，名词前常用定冠词;作“…比…”解时，用于两个数字之间表示面积。

3、侧重点不同：

in the way侧重点：有挡道、妨碍的意味。

on the way侧重点：若表示在去某地的途中，其后要用介词to接地点名词表示目的地，若目的地是副词，则不用to。

by the way侧重点：常用做状语。