猫屎咖啡的由来跟印度尼西亚的麝香猫有关，麝香猫专吃成熟的咖啡果实，当地农民视其为死敌。后来有人用从麝香猫粪便中挑出的咖啡豆做成咖啡，各地咖啡专家都觉得非常美味，所以每当咖啡成熟的季节，当地农民都会花时间在森林里收集麝香猫的粪便。

猫屎咖啡是经过麝香猫体内发酵、消化成为猫粪便排出，再经过加工、烘焙而成的。因其数量稀少，所以价格非常昂贵。当地为了得到更高的利润，也有把麝香猫捉回家饲养的，但是产出的猫屎咖啡成色比野生的逊色，所以猫屎咖啡非常昂贵。