乙肝疫苗自1979年问世以来，经过近20年的大规模应用和观察，至今尚未见有关于注射后引起严重副作用的报道。只有少数人出现接种部位红肿、硬结、疼痛，手臂酸重或发热、恶心、呕吐、乏力、皮疹等与一般疫苗接种大致相仿的轻微反应，多于1—3天内不治自愈。

由于乙肝疫苗属血源性的，在制备过程中纯化与灭活程序十分严密，故不会产生像破伤风等动物血清疫苗可能造成的过敏反应，也不会感染上乙肝、艾滋病及其他传染性疾病。与其他疫苗同时接种亦末出现相互干扰作用;因此，可以说，乙肝疫苗是安全可靠的预防疫苗，注射前也不必皮试。