阿里巴巴和蚂蚁金服没有股权关系，但存在业务关系，蚂蚁金服的控制人是马云，而阿里巴巴的控制人是阿里合伙人。

2011年6月中旬，阿里巴巴集团将支付宝的所有权转让给马云控股的另一家中国内资公司。起因据支付宝申明解释说，是因为央行关于非金融机构的支付管理办法规定，要想拿到支付牌照，对公司的外资绝对控股情况有一定要求，支付宝此前接近70%的股权被美国雅虎和日本软银公司控制。

2011年7月29日，阿里巴巴集团、雅虎和软银，就支付宝股权转让事件正式签署协议，支付宝的控股公司承诺在上市时予以阿里巴巴集团一次性的现金回报。回报额为支付宝在上市时总市值的37.5%（以IPO价为准），回报额将不低于20亿美元且不超过60亿美元。

从历史沿革看，蚂蚁金服的前身是支付宝。归属于浙江阿里巴巴电子商务有限公司。在2014年的时候，以支付宝为基础成立了蚂蚁金服，蚂蚁金服的全称是浙江蚂蚁小微金融服务集团有限公司，这两家公司从结构上无关，但是在经济上是有关联的。