细胞质是细胞质膜包围的除核区外的一切半透明、胶状、颗粒状物质的总称。细胞质包括基质、细胞器和包含物，在生活状态下为透明的胶状物。

细胞质基质又称胞质溶胶，是细胞质中均质而半透明的胶体部分，充填于其他有形结构之间。细胞质基质的化学组成可按其相对分子质量大小分为三类，即小分子、中等分子和大分子。小分子包括水、无机离子;属于中等分子的有脂类、糖类、氨基酸、核苷酸及其衍生物等;大分子则包括多糖、蛋白质、脂蛋白和RNA等。

细胞器是细胞质中具有特定形态结构和功能的微器官，也称为拟器官或亚结构。细胞中的细胞器主要有：线粒体、内质网、中心体、叶绿体，高尔基体、核糖体等。它们组成了细胞的基本结构，使细胞能正常的工作，运转。其中，叶绿体只存在于植物细胞，液泡只存在于植物细胞和低等动物，中心体只存在于低等植物细胞和动物细胞。

包含物是细胞质中本身没有代谢活性，却有特定形态的结构。有的是贮存的能源物质，如糖原颗粒、脂滴;有的是细胞产物，如分泌颗粒、黑素颗粒;残余体也可视为包含物。