通过物理方式进行过滤，主要是使用各种过滤材料，辅以辅助剂来完成。将水中的尘埃、树叶、漂浮物等除去，保持水的透明和洁净。一般常见的使用砂石过滤，用砂石使水渗透，除去颗粒比较大的物质。这是比较传统好用的方法，大部分物质都会被分解掉，这也是一种生化过滤的方式。

过滤盒放在鱼缸上面的时候，最低是10厘米以上的生物过滤层，在此上面铺过滤棉作为物理过滤层。硝化细菌将生长在生物过滤层，就是说水质变清的主力是生物过滤层。在有条件的情况下你可以一层生物过滤层一层物理过滤层的叠加。