漠河县年平均气温在零下5.5度 。各月平均气温在0度以下的月份长达8个月之久。气温年较差为49.3度。平均无霜期为86.2天。

年平均降水量为460.8毫米，全年降水量百分之七十以上集中在7月份。5到6月份为旱季，7到8月份为汛期。太阳辐射总量年平均为96到107千卡每平方厘米，日照时数为2377到2625小时。

漠河为多年连续冻土区，冻土最厚达100米以下，冻土融冻最浅的地方，最大融冻上界面仅20厘米左右。对本地的野生动植物的生存和生长，超过能耐受的低温极值，并成为限控因素。但对喜低温的耐寒的动植物，都是适宜的温度范围。