例外原则是指高层领导应保留的处理例外事项的决定权和控制权，是与联能化原则紧密相连的。高层领导把常规性的管理事务的权力分解给各职能部门，以能用更多的时间和精力来决策重要问题，这并不是说就不再处理具体的事务。在组织的管理过程中会出现两种“例外”，一是由于新情况的不断出现，则会产生某些职能部门原权限中未列入的事项; 二是各职能部门之间，职能部门和下层人员之间在工作中难免会出现各种矛盾，而这些矛盾是不能自己解决的，这些例外情况就需要高层领导来直接处理。可以说，例外原则是职能化原则的补充，排除例外原则就不能有效地建立职能化组织。