菏泽职业学院设商贸物流系、机电工程系、交通工程系、信息工程系、经济管理系、食品与化学工程系、建筑工程系、旅游管理系、五年大专部、基础教学部共10个系部。现开设电子商务、物流管理、会计、机电一体化技术、电梯工程技术、工业机器人技术、计算机应用技术、动漫制作技术、汽车检测与维修技术、新能源汽车技术、应用化工技术、工业分析技术、食品生物技术、建筑工程技术、建筑装饰工程技术、光伏发电技术与应用、分布式发电与微电网技术、旅游管理、空中乘务、音乐表演、互联网金融21个专业。