硅藻是一类具有色素体的单细胞植物，常由几个或很多细胞个体连结成各式各样的群体。硅藻的形态多种多样。硅藻常用一分为二的繁殖方法产生。分裂之后，在原来的壳里，各产生一个新的下壳。盒面和盒底分别名为上、下壳面。壳面弯伸部分名壳套。上下壳套向中间伸展部分，称相连带。

硅藻属于不等长鞭毛类这一大类群，这一大类群既有自养生物（如金藻、巨藻）又有异养生物（如水霉）。黄棕色叶绿体是不等长鞭毛类的一个特征，这种叶绿体有四层膜，含有类胡萝卜素、墨角藻黄素。硅藻个体通常无鞭毛，但其雄配子具不等长鞭毛，同时与其他类群相比其鞭毛缺乏茸毛。