真核细胞型微生物包括了真菌、真核藻类和原生动物。根据细胞的有无以及细胞结构特点的不同，把微生物分为三大类，它们是原核细胞型微生物，例如细菌和放线菌；真核细胞型微生物，如真菌；非细胞型微生物，例如病毒等。

真核微生物是细胞核具有核膜、核仁，能进行有丝分裂，细胞质存在线粒体或同时存在叶绿体等多种细胞器的一类微生物。其广泛分布于自然界，种类很多，形态各异。