南京审计学院现设三个系：审计学系、国际审计系、工程管理系；下设四个专业：审计学专业、审计学专业、审计学专业IAEP方向、工程管理专业工程审计方向。

南京审计学院会计学院：会计理论、财务会计、成本会计、财务管理。

南京审计学院管理学院下设4个系：工商管理系含金融企业管理专业、市场营销系、人力资源系、物流管理系。