名侦探柯南以黑衣人出现的有：

第1集云霄飞车***人事件、第13集电玩公司***人事件、第54集黑衣组织十亿元抢劫事件、第128集来自黑衣组织的女子、第129集大学教授***人事件、第176集与黑衣组织的再会（灰原篇）、第177集与黑衣组织的再会（柯南篇）、第178集与黑衣组织的再会（解决篇）、第230集神秘的乘客（前篇）、第231集神秘的乘客（后篇）、第271集隐藏匆忙中的省略（前篇）、第272集隐藏匆忙中的省略（后篇）、第286集工藤新一NY事件（事件篇）、第288集工藤新一NY事件（解决篇）、第289集光彦森林迷失记（前篇）、第290集光彦森林迷失记（后篇）、第307集遗留的无声证言（前篇）、第308集遗留的无声证言（后篇）等等。