尔齐斯河上游主要靠融雪、融冰和降水补给；下游主要来源于融雪、降水和壤中水。上游汛期始于4月，大汛多在4月至6月；下游汛期为5月末至10月，6月最大，约占全年的50%。额尔齐斯河流量沿程变化如下：上游可可托海处年均流量52立方米每秒，布尔津108立方米每秒，乌斯季卡缅诺戈尔斯克590立方米每秒，塞米巴拉金斯克860立方米每秒，鄂木斯克900立方米每秒，托博克尔斯克2280立方米每秒，汉特一曼西斯克3000立方米每秒。