企业申报印花税的操作流程如下，

1、打开国家税务总局XX省电子税务局，

2、依次点击菜单【我要办税】—【税费申报及缴纳】—【印花税申报】—【申报】进入企业所得税申报初始化界面。

3、进入申报主界面，根据本单位情况进行填写，点击申报即可。

4、点击税款扣除，并确认扣款。