艾伯斯京东自营和旗舰店区别是经营主体、服务品质和商品价格等方面不同。艾伯斯京东自营是指商品由京东自营直接销售，即京东自己持有商品库存，能够提供较高的品质保证和较快的配送服务，但是价格可能相对略高一些。而艾伯斯京东旗舰店则是指由艾伯斯京东官方开设的店铺，虽然商品实际上也是由京东承运，但由厂商直接销售，经营主体资质更加明确，产品价格通常会有一定的优惠，并且会提供厂商直接的售后服务。