浙江大学医学院的前身是由1912年中国人自己创办的浙江医学专门学校和1945年8月创设的国立浙江大学医学院两所学校合并而成的浙江医学院，1960年4月改名为浙江医科大学。1998年，与浙江大学、杭州大学、浙江农业大学合并成立新的浙江大学，并于次年重组成立了浙江大学医学院和药学院。2009年浙江大学实行大部制，将医学院和药学院重组，成立浙江大学医学部。2014年浙江大学实施学部制优化改革，医学部更名为医药学部，医学院和药学院独立建院。

截至2013年12月底，医学院设有医学信息学课程组、细胞生物学课程组、病理学课程组、遗传学课程组、病原生物学课程组、生物化学课程组、分子生物学课程组、教改课程组、生理学课程组、药理学课程组、免疫学课程组、病理生理学课程组、神经科学课程组、解剖学课程组、组胚学课程组等15个课程组。