1、外观不同：马蜂窝呈现不规则的球形，直径从十几厘米到几十厘米不等，蜂窝形状似倒置的宝塔，大小是几层到十几层不等。蜜蜂窝是垂直于地面的饼状上面有许多六边形的小格。

2、蜂巢材质不同：马蜂窝的蜂巢为纸质巢。蜜蜂窝的巢则为蜡质巢。

3、结构不同：马蜂窝的结构根据蜂种不同差异非常大，小型马蜂的巢结构比较简单，大型马蜂的巢为多层结构，外部有巢壳包裹，巢门开在下部。蜜蜂窝由数张呈片状并与地面垂直的构成，巢脾数量因蜂种和群势而异，例如群势较强的中蜂一般有7～8张，但每张巢脾之间有一定的距离，从而构成了看似分散但有紧密联系的蜂巢。