首先，税务所科员和基层分局科员都属于基层公务员，都是所在单位的最基层。
其次，税务所是分局的派出机构。 税务所科员是在真正的基层，要比基层分局科员还要基层。
工作环境方面：基层分局一般在市里面的行政区域划分所在区以及县城，办公条件一般不会差，甚至要比同级别的其他单位（例如工商分局、民政分局等等）要好些。这要取决与当地经济条件发展状况。一般不会太差。
税务所，一般在县级以下的乡镇，条件一般比不上市里面和县里面的基层分局。一般不会太好。如果当地有旅游资源或赚钱的企业的话，另当别论。
工资待遇方面：同理，基层分局的要好于税务所的。但考虑到市里和县里的消费水平高，综合物价因素考虑，基本是差不多的。税务所山高皇帝远，可以经常吃到农家正宗美味，也是一大享受。
发展前景方面：一般来说，往上提（由下层单位提拔或调任到上级单位，平级）要比往下调（把上级单位的干部调到下级单位去当领导）要难得多。
如果你所在的税务所工作人员年龄结构偏大，基本都是30、40岁以上的话，那你作为一个年轻的本科生，进去不到几年，很快会有提拔的。我有个大学同学，3年不到，就当上所在税务所的副所长了，就属于这种情况。
当然，当地经济条件发展状况不是很好的税务局基层分局也有可能存在这种情况，具体问题具体分析。
两者是一个鸡头与凤尾的关系。要看你自己的选择。