1、培养基不同：金燕耳是采用12种药食同源的中草药作为培养基培育而成，营养价值丰富，而银耳是采用被农药和化肥污染的麦麸、棉籽壳和椴木等培养基培育而成，没有营养价值。

2、用水质量不同：金燕耳是直接用过滤的山泉水灌溉和冲洗，而银耳是采用普通的湖，河水灌溉和冲洗。

3、培植周期不同：金燕耳是60天的培植周期，而银耳的培植周期是30-40天。