1、漂洋出海，不知所终。有传言建文帝泛舟出海，去了南洋，并在某个小岛上过着自食其力的恬然隐居生活。

2、江苏吴县说《文汇报》的记者徐作生通过查阅文献和亲自到江苏吴县去考察，发现了建文帝出亡时遗留下的一些遗迹、遗物，并结合文献资料，认为建文帝当年离开紫禁宫后，削发为僧，既没有去神乐观，也没有去西南、东南周游避难，而是被僧司溥洽所救，一直藏于江苏吴县普济寺内，此后一心为僧，无复国之意。

3、四川望京寺说有人则认为建文帝在四川平昌佛罗寺躲藏过，并病逝于此，葬于寺后山坡上。建文帝之所以选择佛罗寺，是喜欢这里偏僻难寻，不容易被发现。因他常常面向京城的方向暗自哭泣，后人就把佛罗寺改称望京寺。

4、还有一种说法，据《江油县志》记载：明朝建文帝，兵败归隐山林，具体地址不详。