事业单位慰问金应计入：事业支出科目核算。

事业支出是核算事业单位开展各项专业业务活动及其辅助活动发生的实际支出。有财政补助收入的事业单位，其财政补助资金必须按拟定的用途使用，不得自行改变资金用途。

事业支出应按以下科目进行明细核算：基本工资、补助工资、其他工资、职工福利费、社会保障费、助学金、公务费、业务费、设备购置费、修缮费和其他费用。