菏泽飞机场近期拟开通航线菏泽—北京、菏泽—上海、菏泽—沈阳，菏泽—深圳、菏泽—海口，菏泽—成都6条航线，其余航线通过其他枢纽机场中转后抵达；远期开通日、韩、东南亚地区和港澳台国际航线。

菏泽牡丹机场航站区分为航站楼、航管楼、消防中心、货运站、航油区、动力中心、服务中心和广场8个功能区，其中航站楼面积10916平方米，采用一层半前式布局，设置5个登机口，其中4个为近机位登机口，1个为远机位登机口，另设4座登机廊桥。