如果毕业之后不签订三方协议，那么学生的档案会由学校保管。通常，高校的档案馆会负责为学生保管档案，包括学习成绩、学籍、毕业证书等。如果需要使用档案，学生可以通过各种途径向学校申请提取。

对于某些需要用到档案的情况，如社保、公共招聘等，学生可以向相关部门提交申请，并授权它们向学校获取相应的档案信息。

但是，未签署三方协议可能会对毕业后的职业发展或未来的抉择造成一定的影响，因此建议学生在毕业前尽量与用人单位或者实习单位明确合作方案，保障自己的合法权益。