创新方法的三阶段是系统整体论的诞生、从封闭系统到开放系统、系统的自组织性。

1、靠前阶段：系统整体论的诞生—从机械分割占据统治地位到整体性系统思维方式的形式与确立。在人们的视野中，不再简单地把世界、宇宙看成是可以任意拆卸与组装的大机器；世界是由一个由其相互作用着的各部分要素结合在一起的有机整体，这在人类的认识史上确是一个质的飞跃。

2、第二阶段：从封闭系统到开放系统。

仅仅把世界、宇宙和事物看作是系统还是不够的，还必须区分是封闭系统还是开放系统。不错从分割论或机械论模式进入到有机整体的系统模式是一个大突破，但人们开始只把系统看作是一种封闭的孤立系统。

封闭系统理论虽然认识到系统内部各要素之间的联系和相互作用，但它忽视了与其环境间没有物质、能量和信息之间的交换，所以这种系统只能是一种死的有机体，它只能维持暂时的平衡与稳定，而活的有机体必须是一种开放系统。

从创新的角度上看，任何一个创新组织除了组织内部各要素的相互作用之外，还有与环境的互动，才能成为一个开放系统。这大致相当于第三代创新模型：链环—回路模型。

3、第三阶段：系统的自组织性

“自组织是动力学原理，它是构成了生物的、经济的、社会的和文化的结构的丰富多彩的形式世界的基础。”自组织系统是指“无需外界特定指令而能自行组织、自行创生、自行演化，能够自主地从无序走向有序，形成有结构的系统。”在当前创新研究中越来越多涉及到自组织理论。

最后是复杂适应系统。复杂适应系统是从构成论转向生成论。它强调是演化、突现与生成，一旦创新系统引入复杂适应系统，用演化、突现与生成来研究并实施创新，弥补原有创新系统那种静态的时间维缺失，进入动态过程，创新必将形成一个新阶段。