菌落，是指由单个微生物细胞或一堆同种细胞在适宜固体培养基表面或内部生长繁殖到一定程度，形成以母细胞为中心的一团肉眼可见的、有一定形态、构造等特征的子细胞集团。

菌落是一个菌细胞形成的肉眼可见的细菌集团，不是什么具体的菌。菌落总数是指在被检样品的单位重量、容积或表面积内，所含能于某种周体培养基上，在一定条件下培养后所生成的细菌集落的总数。

菌落总数主要是作为判定食品被细菌污染程度的标记，也可以应用这一方法观察食一中细菌的性质以及细菌在食品中繁殖的动态。以便对被检样品进行卫生学评价时提供科学依据。

菌落类型

细菌在平面培养基上形成各种型的集落，称为群落。菌落形态不仅因细菌的种类而有不同，即在同一种菌中，也会因遗传上的变化和培养条件的不同而发生变化。但对它们之间的相互关系和转变，仍有很多不明之处。已知在肺炎双球菌中，可由DNA引起性状转化，在布鲁氏杆菌属（Brucella）中则可因突变而引起性状变异。这种变化和细胞抗原抗体反应的特异性以及其它的生理性质变化具有密切关系。一般了解最清楚的是S-R变异。粘稠的细菌菌落M（muc-oid之缩写）型，往往有不透明的菌落，与细菌产生的荚膜物质的量有关。也有S型转化为R型的情况。D（dwarf的缩写）型为小型的菌落，但与细菌滤过性形态有密切关系。　

特征形态

菌落形态包括菌落的大小、形状、边缘、光泽、质地、颜色和透明程度等。每一种细菌在一定条件下形成固定的菌落特征。不同种或同种在不同的培养条件下，菌落特征是不同的。这些特征对菌种识别、鉴定有一定意义。

细胞形态是菌落形态的基础，菌落形态是细胞形态在群体集聚时的反映。细菌是原核微生物，故形成的菌落也小；细菌个体之间充满着水分，所以整个菌落显得湿润，易被接种环挑起；球菌形成隆起的菌落；有鞭毛细菌常形成边缘不规则的菌落；具有荚膜的菌落表面较透明，边缘光滑整齐；有芽孢的菌落表面干燥皱褶；有些能产生色素的细菌菌落还显出鲜艳的颜色。