1、缴费标准不同：新型农村合作医疗保险和城镇居民医疗保险的缴费参考系数不同。一般职工医疗保险与个人工资和参保地平均工资水平挂钩，而新型农村合作医疗保险则与当地财政收入挂钩；

2、报销比例不同：虽然许多地区已经开始实施城市居民医疗保险和新型农村合作医疗制度的统一政策，但城市医疗保险的报销指数略高于新型农村合作医疗制度；

3、保险对象不同：城市居民医疗保险针对城市居民和企业员工，新型农村合作医疗保障制度针对农村人口；

4、报销范围不同：城市医疗保险的报销范围略宽于新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗制度不能在一些大型医院门诊报销，但正在接近城市居民的医疗保险。

城镇居民医保的办理方法

1、被保险人携带有效证件（身份证、户口簿等）到当地区县医疗保险中心申请，区县医疗保险中心当场办理；

2、参保人员还可到附近的街道（镇）医疗保险服务点（以下简称服务点）申请办理，服务点将在3个工作日内完成。参保人员应在规定时间内到服务点领取医保卡，而不是办理医保卡；

3、被保险人可委托别人代为办理。委托人在办理时应携带本人及被保险人的有效证件。

新农合报销比例是多少

1、省市一级医院：新型农村合作医疗的起付线为300人民币，报销比例为65%；

2、县市二级医院：新农合起付线400人民币，6000人民币以下65%，6000人民币以上80%；

3、县三级医院：则起付线标准为600人民币，6000人民币以下报销65%，6000人民币以上报销80%；

4、市政三级医院起付线800人民币，12000人民币以下报销55%，12000人民币以上报销75%。市外医院：起付线1500人民币，2万以下报销45%，2万以上报销70%。

需要注意的是，一些农村群体的报销比例可以单独计算。任何属于农村低保户，或五保户、残疾人、特殊贫困户等的，报销比例最高可达85%。这些都是国家对家庭群体的政策支持。