起始密码子一般有3-4种，分别是AUG、编码真核生物中的甲硫氨酸和原核生物中的N-甲酰甲硫氨酸（fMet），GUG（缬氨酸）或AUA（异亮氨酸）、UUG（亮氨酸）等也用作起始密码子（少数生物中）。

起始密码子是指信使RNA分子中每相邻的三个核苷酸编成一组，在蛋白质合成时，代表某一种氨基酸的规律。信使RNA在细胞中能决定蛋白质分子中的氨基酸种类和排列次序。信使RNA分子中的四种核苷酸（碱基）的序列能决定蛋白质分子中的20种氨基酸的序列。而在信使RNA分子上的三个碱基能决定一个氨基酸。