1、用法不同：神祇才是正确的用法，神祗其实是错误的用法。

2、含义不同：“祇”的意思是“地神”，也泛指神灵。组词有“神祇”。而“祗”则表示“恭敬”之义。组词有“祗仰”、“祗候光临”。因此，凡是代表“地神”之义的或者是泛指神灵的都应该写成“神祇”而不是“神祗”。