农村学生专项计划的坏处是存在对农村学生的资质削弱，并引发羡慕和仇视情绪。由于政策存在经济和学校名额的优待，越来越多的年轻人将注意力转向该领域，导致就业前景变得不明朗。

此外，农村学生也可能感受到压力和不公，因为他们被隔离到外部环境。针对这一问题，基础教育应该重视农民的各种成就，这些成就应该与城市学生的成就作平衡。