生物学的证据不断更新，准确的说法尚未提出。但大致的思路是一致的,，鲸起源于一种陆生中小型远古动物。早期人们认为鲸的祖先隶属偶蹄目动物，有人认为更类似猪，有人认为更类似河马类动物。不过最近的研究可能比较倾向于中兽，中兽属于踝节目，而踝节目又代表了早期有蹄类进化的主干。所以两类假说只是小出入，即起源分化时间的不同。