目前，并没有相关长期的服用雪莲菌有害的报道，但专家认为，雪莲菌的主要成分是酵母菌、乳酸菌和醋酸菌以及其他的微生物，酵母菌和乳酸菌对人体无害，可以调节人体的正常菌群，对人体的肠胃系统有好处，功效与市面上出售的普通酸奶大致相同。牛奶和雪莲菌泡在一起，并不会产生对身体有毒性的物质，但是细菌是肯定存在的。雪莲菌中还含有革兰阳性菌、双脂杆菌等，还有一些很小的微生物。革兰阳性菌中的金葡菌在适宜的温度和通风不良的环境下，可以生长繁殖，能产生一些毒素，食用后能致病。与正规厂家生产的酸奶相比，若是自制的雪莲菌泡在牛奶里没有做好清洗、正确消毒器具、存放等工序就可能对人体产生危害。

也有专家表示，雪莲菌这种食品或保健品里的成分起不到药物的效果，即使无副作用，但对原发性疾病如果因轻信食品功效而停止药物，反而会延误病情，希望患者一定要谨慎。