南海九段线最早来自于1887年6月26日，中法两国签订《续议界务专条》，划定了中国和法属印度支那之间的边境线。该条约第三款规定：广东界务现经两国勘界大臣勘定，边界之外，芒街以东及东北一带，所有商论未定之处，均归中国管辖。

至于海中各岛，照两国勘界大臣所划红线向南接划，此线正过茶古社东边山头，即以该线为界（茶古社汉文名万注，在芒街以南、竹山西南）。该线以东，海中各岛归中国；该线以西，海中九头山（越名格多）及小岛归越南。

也就是说，法国政府早在1887年6月26日就已经承认南海诸岛属于中国所有；中国对南海诸岛拥有主权，当时即已为国际法所认定。因此，东经108度零2分线也成为划定南海疆域线的起点。

中国南海9段线最早是11段线，当时的中华民国政府在20世纪30年代-40年代就已经勘定，并绘制成图，得到了当时世界上所有国家及其合法政府的承认，各国地图上都已明确表明南海11段线内为中国所有。在上世纪的众多国际公约和条约中都明确指出和体现。

在二战时期，日本一度占领南海，但二战结束后，依照《波茨坦公告》将南海并台湾等诸多侵占的中国领土交还中国，这也再一次印证了中国对南海拥有不可争议的主权。