1、车站地址不同：杭州东站位于浙江省杭州市江干区全福桥路2号。杭州南站位于浙江省杭州市萧山区站前路1号。

2、车站规模不同：杭州东站建筑面积34万平方米。站台规模15台30线。杭州南站建筑面积22.8万平方米。站台规模7台21线。

3、主要线路不同：杭州东站主要线路：沪昆铁路、宣杭铁路、萧甬铁路、沪昆高速铁路、宁杭高速铁路、杭甬高速铁路、杭黄高速铁路。杭州南站主要线路：沪昆铁路、萧甬铁路、杭甬高速铁路、沪昆高速铁路、杭黄高速铁路等。