主要源于湖水对太阳光的散射、反射和吸收。九寨沟的湖水呈现清澈的蓝色，说明湖水中短波长的散射远大于长波长。因沟内植被郁闭度高、水循环条件较畅通以及石灰华对悬移质的固定作用，从而使水中悬浮物、有机物、浮游生物极少，湖水的洁净度和透明度极高。湖水中常见的钙离子、镁离子、碳酸氢根离子等也有增强短波光散射的作用。同时由于湖水透明度高，湖底的灰白色钙华、黄绿色藻类对透射光的选择性吸收和反射，也增加了湖水色彩的层次和变化。另外，九寨沟的湖泊处于地形起伏很大的深切峡谷中，不同地段同一时间、同一地段不同时间，太阳光的入射角及入射量、湖水表面对光的反射状况和湖水的透明度都有很大的变化。