区别一、释义不同

后院：正房后面的院落比喻后方或内部。

后苑：屋后的花园。

区别二、引证出处不同

后院：唐·李白《题东溪公幽居》诗：“好鸟迎春歌后院，飞花送酒舞前檐。”

后苑：《宋史·神宗纪一》：“废青城后苑。”

鲁迅《故事新编·铸剑》：“还怕他鬼魂作怪，将他的身首分埋在前门和后苑了。”