发票存根联的保存期限是5年。

根据国家关于开局发票的相关规定，开具发票的单位不能擅自损毁发票，需要按规定进行保存直到5年后保存期满，在经过税务相关极管查验后才能销毁，如果在中途遗失，需要及时补办。

发票存根联一般是指已经开具的发票的存根联，发票是一种购销与花费的凭证，是财务核算的凭证，也是国家相关机关检查与执法的重要依据，发票能证明业务发生，但并不是款项收付的证明，款项的收付证明是收据，发票只是售卖方向收购方签发的证明文本，必须包含内容、数量、日期与款项。