1、存在时间不同：宣政院存在于元朝，理藩院存在于清朝；功能不同，宣政院是掌管全国佛教事宜和藏族地区的军务事务机构。

2、理藩院是清朝统治新疆、回部、西藏等少数民族的最高权力机构，也管辖部分外交事务；机构设置不同，宣政院下设同知、副使、参议金院各二人。

3、理藩院则掌管爵禄、朝贡、官制、兵刑、户口、贸易、赋税、宗教，等等。