病原微生物根据其结构不同一般分为非细胞性微生物、原核细胞性微生物和真核细胞性微生物三大类。

1.非细胞性微生物：该类型微生物无细胞结构，包括病毒和朊粒等，如肝炎病毒、流感病毒以及目前大流行的新型冠状病毒等等。

2.原核细胞性微生物：包括各种细菌、支原体、衣原体、立克次体等。

3.真核细胞性微生物：主要包括真菌、原虫等，如念珠菌、疟原虫等。