1、作者通过怀念藤野先生，赞扬藤野先生没有民族偏见的伟大性格和正直、热忱、高尚的品质，回顾了自己在日本求学时期探索救国道路和思想转变的过程：为了祖国的前途和命运，毅然地放弃了跟随生平最敬爱的老师一一藤野先生学习医学，摈弃了科学救国的改良主义道路，改为从事文艺运动以唤醒人民群众起来革命；从而激励自己要永远不忘革命的初衷，决心同封建及帝国主义势力斗争到底。

2、文章一开头就写目击东京“清国留学生”的醉生梦死，激起自己想“到别的地方去看看”的原因。接着写去仙台医学专门学校，这是此文的主体，着重写藤野先生对自己的关怀、教育的深厚情谊，以及放弃学医的思想变化原因。这部分在写藤野先生之前，叙述了从东京去仙台的途中所见以及在仙台医专所受的优待。最后“从离开仙台之后”到结尾，写出了鲁迅对藤野先生的深深怀念以及藤野先生给鲁迅的激励和鞭策。鲁迅回国以后，之所以没有和藤野先生通信和寄照片，这是“因为状况也无聊，说起来也无非使他失望，便连信也怕敢写了。”这里透露了作者对辛亥革命后中国依然是半殖民地半封建社会的现状的失望和不满，从而也觉得无法报答藤野先生对自己对中国人民的关心和期望，含蓄的笔调更加强了文章思想的深度。接着写对藤野先生的敬仰和怀念：我“时时记起他，在我所认为我师的之中，他是最使我感激，给我鼓励的一个”。在对藤野先生的评价后，鲁迅先生更进一步揭示藤野先生的思想境界：“他的对于我的热心的希望，不倦的教诲”，“是为中国”，“希望中国有新的医学”；“是为学术”，“希望新的医学传到中国去”。正因为藤野先生对鲁迅的关心乃是对中国人民的关心，所以鲁迅怀着深深的敬意赞颂“他的性格，在我的眼里和心里是伟大的”。