哈工大软件学院的课程设置可简单概括为“五大系列不断线，三大方向有特色”，在理论、计算机系统、软件工具、软件工程和管理等五大系列课程上循序渐进地充实学生各个能力域上的能力。

而在专业方向上，根据哈工大计算机学科在网络、数字化企业以及数字化媒体等方面的优势和软件产业的专业人才需求，使学生在计算机网络与信息安全、数字化企业与电子商务、数字化媒体与语言信息处理三个方向掌握最新的专业知识，同时根据威海分院对日韩合作需求，增设了嵌入式系统及应用专业方向。